Цитата: Карта личная, зарплатная.
Договор оформлен на организацию, а получатель кредита по договору физ. лицо?
Цитата: планируется на покупку жилого помещения, которое потом перестроится в еще одну торговую точку (у нас розничные магазины).
А оформляться помещение на кого будет - на физ. лицо, на организацию?
Цитата: и списания будут производиться с этой же карты.
То есть расплачиваться за кредит будет физ. лицо, а не организация?
Цитата: Я не могу понять как мне провести поступление кредита в бухгалтерии, т.к. фактически деньги не поступили не на р/с, ни в кассу.
Читайте кредитный договор. Пока совершенно непонятно, в чьих интересах он оформлен.
Если получателем кредита является организация, то можете запросить у банка выписку по кредитному счёту, на её основании и сделаете проводки.